Društvo deluje v javnem interesu na območju Republike Slovenije ter sodeluje z društvi s podobnimi cilji doma in v tujini. Društvo je član Združenja evropskih društev za mikroskopijo (European Microscopy Society – EMS) in Mednarodne zveze društev za elektronsko mikroskopijo (International Federation of Societies for Electron Microscopy – IFSEM).

Naloge društva so povezovanje pedagoških delavcev, raziskovalcev in strokovnjakov, ki pri svojem delu uporabljajo metode mikroskopije in mikroanalize, pospeševanje in koordinacija mikroskopske raziskovalne dejavnosti na področju biološko medicinskih raziskav in raziskav materialov, sodelovanje z drugimi sorodnimi društvi in zastopanje Republike Slovenije v ustreznih mednarodnih združenjih, pridobivanje in vzpodbujanje mladih sodelavcev ter prizadevanje za napredek znanja s področja mikroskopije in mikroanalize, prirejanje strokovnih posvetovanj in seznanjanje širše javnosti z znanstvenimi dosežki na področju mikroskopije.